医院污水来源和成分复杂，危害严重。源流主要来自医院诊室、化验室、病区、洗衣房、X片照相室和手术室的污水排放。废水中含有大量病原菌、病毒和化学物质，具有空间污染、急性传播和潜伏性传播等特点。如医院污水中含有病原微生物，未经消毒处理排放到城市下水道管道或环境水体中，往往会造成水体污染，引发各种疾病和传染病，严重危害人民健康。
由于医院污水的特性，其无害化处理问题十分严峻：一些高传染性疾病向社会传播，对现有医院污水处理工艺技术水平和设施，将是一个严峻的考验。在全球流行的呼吸系统传染病，对医院污水的无害化处理技术和设施，提出了更高的要求。
目前，我国医院污水处理急需解决的关键问题。
1.污染物处理效率普遍较低。
医院污水的来源和组成复杂是医院污水水质的主要特点之一，其中含有大量的病原菌和化学物质，具有空间污染、急性传染病和潜伏性传染病等特点。传统的医院污水处理设施在处理过程中，受工艺技术的限制，主要是活性污泥微生物种类和数量较少，系统内物理、化学、生化反应过程不完整，且部分病原微生物易随出水排出，扩散等，使传统污水处理工艺对医院污水、主要有机、无机污染物，以及病原微生物处理效果差。对于有医院污水需要处理的单位，也可以到污水宝项目服务平台咨询具有类似处理经验的企业。
2.空气受到严重污染。
因医院污水水质特殊，常规好氧生物处理系统没有采取封闭措施，曝气供氧过程中产生的气泡扩散，形成大量气溶胶分子。这种气溶胶分子表面粘附着病原微生物，将其扩散到空气中，为传染病的传播开辟了另一条途径。尤其对类似“SARS”这样的高度呼吸道急性传染病的有效控制传播，决不能掉以轻心。
3.不能有效地消毒出水。
严格控制病原微生物随医院污水排入排水管，是医院污水处理的关键。当前医院污水处理厂在实际运行中还存在一些问题：目前常用的消毒氯法毒副作用大，臭氧、二氧化氯等毒副作用较小的消毒剂因成本高，经常因操作不正常而限制了有效使用。
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